1926年5月，私立东南医科大学医疗专业；1930年1月，改称私立东南医学院

1949年12月，东南医学院内迁怀远；

1951年8月，东南医学院迁设合肥
1952年10月，改名安徽医学院；

1972年10月，建立安徽医学院医疗系
1973年7月，设立医疗系党总支；

1983年11月，设立安徽医学院医学系
1985年12月，更名安徽医科大学；

1986年1月，实行院系合一教学管理体制，医学系与附属一院合一为医学一系，附属二院（省立医院）设立医学二系
2003年10月，撤销医学一系，成立第一临床学院
2006年12月，成立第一临床学院第一党总支、第一临床学院第二党总支
2014年8月，建立临床医学院与各直属附属医院的“院院合一”体制，确立巢湖临床医学院（附属巢湖医院）建制，同时设立巢湖临床医学院学生党总支，主要分管临床医学（农村免费定向生）教育、管理、服务，庞竞杰同志任学生辅导员；2014年12月25日，校党委常委批准，高荣同志任巢湖临床学院学生党总支副书记；

2015年10月23日，校党委常委批准，李常玉同志任巢湖临床医学院学生党总支书记,并兼任附属巢湖医院党委副书记；

2023年7月31日，校党委常委批准，贾伟华同志任巢湖临床医学院（附属巢湖医院）党委委员、副书记（正处级）职务。